郑和七下西洋之后的200年海禁时期，绿教的外部交流被切断，内地的绿教群体基本停滞了。与此同时，儒家文化的强大影响力和绿教内部人才的匮乏，导致绿教在思想上的变革。许多绿教知识分子开始学习儒家经典，并尝试用儒家思想来解释绿教经典，甚至有大批绿教信徒参与到科举考试中去。
绿教在中土的传承与中东绿教的原教旨主义截然不同，缺少专门的宗教导师来阐述经典，因此很多教义和经文都是通过口耳相传的形式传递下来的。每个村落的清真寺几乎都是一个独立的教坊，教义的解释和传授也完全依赖于个人传承。因此，绿教的组织相对松散，缺乏统一的领导和组织结构。而明朝政府则通过保甲制度和乡绅体系来治理地方，这种方法在当时与绿教并未发生明显的冲突，社会相对和谐。
但一切变化发生在满清入主中原之后。与明朝的“汉化”政策不同，清朝的满洲统治者对绿教的态度完全不同。清朝初期的顺治帝对绿教并未引起足够的警觉，甚至认为绿教与汉民并无太大差异。直至1648年，甘肃河西的绿教起义爆发，清廷开始重视绿教问题。陕甘总督孟乔芳在平定绿教起义后曾上奏说：“绿教民不同于汉民，必须严格管控，不能让其藏匿武器。”
然而，随着海禁的解禁，绿教的外部联系逐渐恢复，尤其是1728年，甘肃河州的绿教徒马来迟从广州出海，前往中东朝觐并学习了苏菲派教义，回国后开始在当地传播。这个消息迅速传播开来，吸引了成千上万的绿教信徒聚集过来，人数激增至40多万。随着马来迟的弟子和其他外海归来的教民继续传播教义，绿教逐渐形成了更具组织性的“门宦”制度，打破了清廷原有的乡村治理结构。
“门宦”的出现，使得绿教群体逐渐脱离了原有的松散、友好的形态，转变为具有强大组织力和排他性的政教合一的乡村组织。随着这种组织形式的兴起，“教大于法，教大于国”的观念逐渐占据主导，绿教内部的矛盾也随之加剧，为后来的动乱埋下了伏笔。
经过100多年的发展，绿教在大西北逐渐分化成了三大教派、四大门宦及其众多支系。而清朝对绿教的治理方式依旧延续着汉族的传统方式——严刑逼供、充军流放。然而，脱离儒家文化影响的绿教信徒已经无法接受这种治理方式，他们开始“去儒从绿”，与当时的儒家文化产生了深刻的隔阂，双方的沟通几乎没有任何理解和共识。
到1781年，绿教起义进入了新的阶段，马明心的弟子苏四十三和田五相继发动了起义。虽然清廷在数次镇压后逐渐恢复了秩序，但这依旧未能彻底消除绿教的威胁，直到乾隆帝意识到绿教问题的严重性，才开始采取更为针对性的措施。
1860年代，太平天国的起义爆发，西南地区的绿教民被迫参与到镇压战役中。清朝政府为此在陕甘地区组织了“回勇”和“汉勇”两种武装力量，这些力量因信仰和民族背景的不同，带来了巨大的社会分裂。随后的动乱几乎将整个西北地区推向了彻底的崩溃。
在这场动乱中，杜文秀、马化龙、马桂源等绿教起义领袖先后崛起，形成了大规模的绿教叛乱，蔓延至多个省份，最终清廷经过17年的血腥镇压才恢复了表面上的秩序。直至1876年，左宗棠在新疆收复阿古柏，彻底平定西北动乱。
经过数十年动乱，西北地区的损失不可估量，甘肃和陕西的人口损失惨重，绿教和汉民都遭遇了极大的伤害。最终，只有左宗棠的镇压才使得大西北重见天日，恢复了和平。而这一场长达数十年的冲突，也为中国历史上的一段痛苦记忆。
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